В соответствии с действовавшим до 1.01.2013 г. Федеральным законом № 129-ФЗ «О бухгалтерском учете» «Организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, ведут учет основных средств и нематериальных активов в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации о бухгалтерском учете» (ст. 4).

Соответственно, в бухгалтерском учете на 1.01.2013 г. остаточная стоимость основных средств должна быть равна первоначальной (восстановительной) стоимости, уменьшенной на сумму амортизации за период с момента ввода в эксплуатацию до 1.01.2013 г. Другими словами, Вам нужно взять остаточную стоимость на 1.01.2007 г. и уменьшить ее на сумму амортизации за 2008-2012 годы, начисленной на общих основаниях, независимо от того, какую сумму Вы списали в расходы в налоговом учете за 2012 г. в соответствии со ст. 346.16 как «расходы на приобретение, сооружение и изготовление основных средств».

Справка: приводим выдержку из Письма Минфина РФ от 14.04.2011 N 03-11-11/93:

«Если организация перешла с общего режима налогообложения на упрощенную систему налогообложения с объектом налогообложения в виде доходов, а затем перешла на объект налогообложения в виде доходов, уменьшенных на величину расходов, на дату такого перехода остаточная стоимость основных средств, приобретенных в период применения общего режима налогообложения, также не определяется».

Другими словами, по мнению Минфина у Вас в 2012 г. не было права учесть в расходах в целях налога по УСН стоимость (часть стоимости) основных средств, приобретенных до переход на УСН «доходы».